Chức năng: có chức năng chẩn đoán, giám sát, nghiên cứu, đào tạo và tư vấn về vi khuẩn gây bệnh.

Cơ cấu tổ chức:

• Phòng thí nghiệm Vi khuẩn hô hấp
• Phòng thí nghiệm Vi khuẩn đường ruột
• Phòng thí nghiệm Kháng kháng sinh
• Phòng thí nghiệm Mycobacteria
• Phòng thí nghiệm Vi khuẩn đặc biệt
• Phòng thí nghiệm Vi khuẩn kỵ khí
• Phòng Pha chế môi trường

Lãnh đạo:

• Trưởng Khoa: PGS. TS. Hoàng Thị Thu Hà
• Phó Trưởng Khoa: TS. Trần Huy Hoàng

Thành tích:

• Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ
• Bằng khen Bộ Y tế
• Tập thể Lao động xuất sắc