Ngày 23 tháng 5 năm 1996, Bộ Trưởng Bộ Y tế Đỗ Nguyên Phương ký quyết định số 902/BYT/QĐ về việc thành lập Ban chỉ đạo phòng chống bệnh dại quốc gia, gồm 10 người, PGS.TS Nguyễn Văn Thưởng thứ trưởng Bộ y tế Trưởng ban.
Ngày 17 tháng 6 năm 1999, Bộ Trưởng Bộ Y tế Đỗ Nguyên Phương ký quyết định số 1822/QĐ-BYT về việc thành lập Ban chủ nhiệm Dự án phòng chống bệnh dại trực thuộc Bộ Y tế, gồm 8 người, PGS.TS Nguyễn Văn Thưởng thứ trưởng Bộ y tế chủ nhiệm Dự án.
Ngày 24 tháng 3 năm 2005, Bộ Trưởng Bộ Y tế Trần thị Trung Chiến ký quyết định số 780/QĐ-BYT về việc thành lập Ban điều hành Dự án khống chế và loại trừ bệnh dại, gồm 13 người, TS Nguyễn Trần Hiển Viện trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương Trưởng Ban.
Các thành viên khác trong Ban chủ nhiệm Dự án đều là Lãnh đạo của Cục Y tế Dự phòng, Vụ Kế hoạch Bộ Y tế và Viện Trưởng hoặc Phó Viện Trưởng của Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh, Viện Pasteur Nha Trang, Viện Vệ sinh Dịch tễ Tây Nguyên, Trung tâm Truyền thông giáo dục sức khỏe Bộ Y tế. Chỉ duy nhất có PGS.TS Đinh Kim Xuyến, Phó Chủ nhiệm thường trực là cán bộ chuyên trách.
Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương là đơn vị trực tiếp chỉ đạo, giám sát, quản lý hoạt động Dự án.