Những năm 1990-1995, theo thống kê chưa đầy đủ, Việt Nam trung bình mỗi năm có trên dưới 500 ca tử vong do bệnh dại, tỷ lệ tử vong trên 100.000 dân là 0,43 cao nhất trong 10 bệnh truyền nhiễm có tỷ lệ tử vong cao. Trước tình hình nghiêm trọng đó, ngày 7 tháng 2 năm 1996 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Chỉ thị 92/TTg về tăng cường phòng chống bệnh dại (PCBD). Sau khi có Chỉ thị 92/TTg, ngày 23/5/1996 Bộ Trưởng Bộ Y tế đã có quyết định thành lập Chương trình phòng chống bệnh dại Quốc gia và Ban Chỉ đạo chương trình có 10 người do Đ/C Thứ trưởng làm trưởng ban. Năm 1999 đổi tên là Dự án Phòng chống bệnh dại. Năm 2005 Bộ y tế giao cho Viện Trưởng Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương làm Chủ nhiệm Dự án.