Đối với vấn đề đánh giá nội kiểm và ngoại kiểm, theo PGS. TS. Nguyễn Thị Hiền Thanh, Phó Trưởng khoa Vi rút, Viện VSDTTƯ, việc tổ chức đánh giá nội kiểm phòng xét nghiệm do phòng xét nghiệm trung tâm YTDP tỉnh tự lên kế hoạch đánh giá, theo đó cán bộ thực hiện các xét nghiệm sẽ tự đối chiếu với tài liệu và quy trình chuẩn xét nghiệm. Kết quả mẫu xét nghiệm trong nội kiểm phải  được đối chiếu với mẫu chứng để so sánh. Bên cạnh đó nội kiểm cũng bao gồm cả kiểm tra đối chiếu các nội dung quản lí phòng xét nghiệm. Thời gian cho đánh giá nội kiểm tiến hành ít nhất 6 tháng/lần. Viện VSDTTƯ sẽ kiểm tra việc thực hiện nội kiểm dựa trên hồ sơ sổ sách của Trung tâm. Ngoại kiểm là hình thức kiểm tra của Viện trên cơ sở các mẫu Mù được gửi xuống phòng xét nghiệm YTDP tỉnh để thực hiện và trả lời kết quả; Viện VSDTTƯ sẽ lên kế hoạch kiểm tra đánh giá ngoại kiểm hàng năm.

          Trao đổi về vấn đề cấp giấy chứng nhận cho một số chỉ tiêu xét nghiệm vi sinh, PGS. TS Phan Lê Thanh Hương, Phó Trưởng khoa Vi Khuẩn và PGS. TS Nguyễn Anh Dũng, Trưởng khoa SKCĐ – CĐT đã thống nhất, hiện nay, hầu hết các xét nghiệm TTYTDP các tỉnh/thành phố thực hiện là các xét nghiệm cơ bản, định danh được vi khuẩn, vi rút và các xét nghiệm chuyên sâu như phân týp vi sinh vật, xác định đặc tính và tính chất sinh hoá của vi sinh vật. Để công nhận các xét nghiệm vi sinh của TTYTDP tỉnh, Viện sẽ tổ chức đoàn đánh giá chuyên môn tại chỗ theo quy chuẩn nhất định, từ quy trình thu thập mẫu bệnh phẩm đến bảo quản, vận chuyển, thực hiện kỹ thuật và đọc kết quả, trả lời kết quả xét nghiệm. Trên cơ sở đó Viện sẽ cấp giấy chứng nhận kiểm tra đối với từng chỉ tiêu xét nghiệm. Hiện nay, mặc dù TTYTDP Thái Bình đã làm được hầu hết các xét nghiệm vi sinh vật đường tiêu hoá, nhưng khi đề nghị cấp giấy chứng nhận nên tập trung vào các chỉ tiêu xét nghiệm đang thực hiện tốt nhất, phục vụ cho việc công nhận Chuẩn quốc gia TTYTDP. Hiện trung tâm YTDP Thái Bình đã được công nhận hai chỉ tiêu xét nghiệm là phòng xét nghiệm chuẩn HIV và phòng xét nghiệm cúm A/H1N1.